В Письме ФНС России от 03.04.13 № ЕД-4-3/5875 указано, что сумма неустойки как ответственности за просрочку исполнения обязательств, полученных обществом от контрагента по договору, не связана с оплатой товара, поэтому обложению налогом на добавленную стоимость не подлежит.
До этого Минфин придерживался противоположной позиции, даже несмотря на Постановление Президиума ВАС РФ от 05.02.08 № 11144/07, в котором было указано, что сумма неустойки, которую продавец выставляет покупателю за нарушение условий договора (в рассматриваемом деле — за просрочку оплаты услуг) не облагается НДС.
Справедливости ради надо отметить, что в вышеуказанном письме представители налоговых органов ссылаются именно на дело о несвоевременной оплате и указывают, что в отношении сумм неустойки как ответственности за просрочку исполнения обязательств по оплате товаров, полученных продавцом от их покупателя, следует руководствоваться указанным постановлением Президиума Высшего Арбитражного суда Российской Федерации.