ИП не сохранил документы, подтверждающие расходы

Это не является безусловным основанием для начисления недоимки по налогам.

ВС РФ указал (п. 12 Обзора практики ВС РФ от 21.10.2015), что в случае, если предприниматель не сохранил документы, подтверждающие расходы (приобретение товаров, зарплата, аренда помещения, коммунальные услуги и т.д.), которые он понёс в ходе осуществления своей основной деятельности и при этом ошибочно применил не верный налоговый режим, то в таком случае налоговые органы обязаны определять сумму налога, подлежащую уплате в бюджет, расчётным способом.